tinyarray

Expression Data Analysis and Visualization


License
MIT

Documentation

tinyarray

前言

hi,我是小洁。这是我基于自己的数据分析需求写的R包,很高兴被你看到了。我会在公众号《生信星球》更新这里面一些好用的小函数,也做一些其他的分享。

函数介绍

geo_download() : 提供geo编号,返回表达矩阵、临床信息表格和使用的平台编号。

get_deg() :提供芯片表达矩阵、分组信息、探针注释,返回差异分析结果。

multi_deg() : 多个分组(最多5个)的差异分析

cor.full()和cor.one() :批量计算基因间的相关性

几个绘图函数:draw_heatmap,draw_volcano,draw_venn

trans_exp():将tcga或tcga+gtex数据进行基因id转换

t_choose():批量做单个基因的t检验

point_cut():批量计算生存分析最佳截点

surv_KM():批量做KM生存分析,支持用最佳截点分组

surv_cox():批量做cox生存分析,支持用最佳截点分组

hypertest():批量做mRNA和lncRNA的超几何分布检验

plcortest():批量做mRNA和lncRNA的相关性检验

还会继续更新