proteinko

Encode protein sequence as a distribution of its physicochemical properties


Keywords
physicochemical-properties, protein-encoding, protein-sequences
License
MIT
Install
pip install proteinko==5.0

Documentation

Протеинко 🇷🇸

Протеинко се користи за моделовање дистрибуција хемијског састава као и физикохемисјксих особина пептида.


О Протеинку

Протеин или пептид је секвенца амино киселина повезаних пептидним везама. Свака аминокиселина окарактерисана је сопственим хемијски саставом и последично одређеним физикохемијским особинама.

Помоћу Протеинка можемо моделовати дистрибуцију хемисјког састава пептида и на тај начин преставити протеин као скуп једнодимензионих вектора од који сваки представља дистрибуцију једног хемијсог елемента или једне физичке или хемијске особине.

Главна особина али и ограничење Протеинка је то што подразумева линеарну или близу линеарну тродимензионалну структуру протеина, односно да протеин у свом природном окружењу или интеракцијама не заузума комплексну глобуларну структуру.

Протеинко дакле пружа могућност изоловања одређених особина линеарних пептида ради упоређивања са другим пептидима или откривања скривених законитости у структури или интеракцијама. Најзначајније је то што Протеинко омогућава представљање прептида на нумерички начин што отвара могућност за коришћење различитих софтвера и алгоритама за манупулацију нумеричким подацима.

plot1

Протеинко може да моделује следеће особине:

  • Хемијски састав (C, H, N, O, S)
  • Хидрофобност
  • Донорске водоничне везе
  • Акцепторске водоничне везе
  • Изоелектрични потенцијал
  • Ван дер Валсов волумен, тј. запремина

Инсталација

pip install proteinko

Употреба

from proteinko import Proteinko

prot = Proteinko()

# Излистај све подржане шеме
prot.schemas

# Моделуј дистрибуцију пептида, по једној од шема
dist = prot.get_dist('ILKEPVHGV', schema='hydropathy')