An easy-to-use program for analyzing Drosophila Activity.

Features

• 快速的果蝇跟踪

• 支持同时追踪多个腔室的果蝇

• 可自由选择特定的腔室

• 支持分组对比

• 可以选取视频中感兴趣的时间段来分析

Installation

Online installation

Install the PyPI package:

pip install easyFlyTracker

or

pip install -i https://pypi.org/simple/ easyFlyTracker

Or local installation

Clone the repository:

git clone https://github.com/azzhu/EasyFlyTracker.git

or download and extract the zip into your project folder.

Then install it using the local installation command:

python setup.py build
python setup.py install

Usage

程序包含两个命令：

easyFlyTracker

• SYNOPSIS

easyFlyTracker [config_file_path]
easyFlyTracker -h 
easyFlyTracker --help

• DESCRIPTION

该命令主要用来跟踪果蝇，并保存跟踪的结果。 接收一个命令行参数，当传递配置文件路径时，程序正常运行。有关配置文件中参数详细说明参见config.yaml. 如果想查看该命令的帮助信息，可以传递 -h 或者 --help 来查看。

easyFlyTracker_analysis

• SYNOPSIS

easyFlyTracker_analysis [config_file_path]
easyFlyTracker_analysis -h 
easyFlyTracker_analysis --help

• DESCRIPTION

该命令主要用于分析跟踪的结果，并以图形的方式展示。 接收一个命令行参数，当传递配置文件路径时，程序正常运行。有关配置文件中参数详细说明参见config.yaml. 如果想查看该命令的帮助信息，可以传递 -h 或者 --help 来查看。

Quick Start

tests 文件夹下有demo视频，您可以拿该数据来快速上手。

1. 在config.yaml中设置正确的视频路径、输出文件夹路径以及其他关注的参数；

2. 跟踪果蝇，运行命令：

   easyFlyTracker [your config file path]
   

3. 分析跟踪结果，运行命令：

   easyFlyTracker_analysis [config_file_path]
   

   等待分析完成，结果保存在输出文件夹中。

License

EasyFlyTracker is released under the MIT license.