raw2clean quality countrol for raw fastq files without adapter 安装 pip install raw2clean Or git clone https://github.com/yodeng/raw2clean.git cd raw2clean python setup.py install 功能 对已除去接头的原始fastq序列数据进行质控,支持单端测序和双端测序数据。 用法 raw2clean --help 具体质控标准如下: reads基于overlap进行分析,检测只有接头序列的空载reads并去除 截去reads两端的N碱基 (可选) 截去reads两端的低质量碱基,低质量参数可设置 (可选) 按指定滑动窗口对reads两端进行质控,窗口平均质量小于给定参数时,截去两端低质量序列(可选) 去除reads中N碱基占5%的reads (默认5%) 去除reads中低质量碱基大于30%的reads(默认30%) 去除长度小于给定长度的reads (默认50) 去除非配对的reads sumfq summary fastq 功能: 统计fastq文件中每个位置的不同碱基的数目以及碱基错误率,支持SE和PE 用法: sumfq --help output: *.clean.fq.sum_avgQ.txt *.clean.fq.sum_pos.txt