raw2clean

quality countrol for raw fastq files without adapter

安装

    pip install raw2clean
Or
    git clone https://github.com/yodeng/raw2clean.git
    cd raw2clean
    python setup.py install

功能

对已除去接头的原始fastq序列数据进行质控，支持单端测序和双端测序数据。

用法

raw2clean --help    

具体质控标准如下：

• 1. reads基于overlap进行分析，检测只有接头序列的空载reads并去除
• 2. 截去reads两端的N碱基 （可选）
• 3. 截去reads两端的低质量碱基，低质量参数可设置 （可选）
• 4. 按指定滑动窗口对reads两端进行质控，窗口平均质量小于给定参数时，截去两端低质量序列（可选）
• 5. 去除reads中N碱基占5%的reads （默认5%）
• 6. 去除reads中低质量碱基大于30%的reads（默认30%）
• 7. 去除长度小于给定长度的reads （默认50）
• 8. 去除非配对的reads

sumfq

summary fastq

功能：

统计fastq文件中每个位置的不同碱基的数目以及碱基错误率，支持SE和PE

用法：

sumfq --help

output:

• *.clean.fq.sum_avgQ.txt
• *.clean.fq.sum_pos.txt