Libreria per l'analisi filogenetica dei ceppi del Sars-Cov-2, Bioinformatic class, 2021 A cura di Lorenzo D'Eusebio e Daniele Sponta

la suddivisione in classi favorisce la comprensione della pipeline, divisa nei seguenti step:

-Recupero dei files FASTA contenenti i ceppi desiderati, possibilità di: caricarli manualmente utilizzare entrez per cercarli su NCBI caricare dei files di esempio l'utilizzo di un interfaccia grafica semplifica il lavoro di input

• unione dei files in un solo file FASTA

-allineamento delle sequenze e conversione dell'output in formato clustal

-creazione della matrice di distanza fra le sequenze

-creazione del file pyloxml e conseguente albero filogenetico